Stagen

Análise Computacional de Dados de Marcadores Moleculares

Software Structure

 

Palestrantes:

Juliano Lino Ferreira – Doutor em Genética e Melhoramento – Universidade Federal de Viçosa com período colaborativo University of California Davis – Pesquisador Melhoramento Genético Vegetal - Embrapa Pecuária Sul – Bagé – RS

 

Tesfahun Alemu Setotaw – Doutor em Genética e Melhoramento – Universidade Federal de Viçosa. Pós-doutorando em Fitotecnia - Universidade Federal de Lavras –– Lavras - MG

 

Resumo: Este curso foi direcionado a estudantes de Pós-graduação de Genética e Melhoramento ou áreas afins, que têm formação básica ou avançada na área de Genética e Melhoramento. O objetivo foi treinar os participantes para o uso dos principais aplicativos computacionais utilizados na análise genética de dados obtidos por marcadores moleculares. O foco foi nos SNPs e nos principais marcadores moleculares, fornecendo subsídios para apoiar o programa de melhoramento genético e avaliação de diversidade e estruturação genética em coleções de germoplasma. Além disso, foi ministrada a teoria que fundamenta cada tipo de análise, com a finalidade de fornecer o conhecimento necessário para que os participantes possam aplicar os princípios teóricos na análise e interpretação de casos reais.

 

Conteúdo abordado:

 

• Aplicativo Convert – programa de formatação de dados para outros aplicativos, a saber: Structure, PopGene, Arlequin, Microsat e Phylip. Também produz tabela de frequência de alelos com indicação de alelos privados.

• Aplicativo Structure – análise Bayesiana aplicada à estruturação genética de populações. Aplicado tanto no melhoramento quanto em estudos evolutivos de plantas.

• Aplicativo Structure Harvester – aplicativo online para detecção do número de grupos apropriados baseando-se nos resultados do Structure.

• Aplicativo Powermarker – estatísticas sumárias dos marcadores moleculares, confecção de dendrograma.

• Aplicativo PopGene – análise de frequência alélica, número de locos polimórficos, número de alelos, heterozigosidade esperada, distância genética,  Índice de Shannon.

• Aplicativo GeneAlex – análise de estatística: Probabilidade de Identidade e Probabilidade de exclusão (somente para dados diplóides e co-dominantes), distância genética, Análises das coordenadas principais (Principal Coordinate Analysis – PCoA), porcentagem de locos polimórficos.

 

Abaixo estão os vídeos deste curso, gravados por hangout. Assim que possível estes vídeos serão otimizados, pois tivemos diversos problemas com a gravação da transmissão ao vivo.